Я думаю, это мелкий баг.
Дуб, березу, ель, маленькое тропическое, гевею рубит идеально.
Волшебное древо - оставляет блоки в земле и те, что с узлом ауры.
Из больших дерев:
Большие еловые деревья - без проблем.
Темный дуб - без проблем.
Большие тропические - иногда рубит, иногда нет. (думаю это...